En el resto de la guerra de anexión, en el período 1861 al 1865, no se reportaron más casos. Se piensa que esto fue debido a que las tropas que llegaron en aquella época a Santo Domingo, procedían de la misma América: Cuba y México.
En 1891 se presentó una nueva epidemia de fiebre amarilla. Esta fue focalizada, pues se circunscribió a pequeños casos que hubo en el Arzobispado de nuestra ciudad Capital. El 10 de Agosto de 1891, murió en el Palacio Arzobispal, el Excelentísimo Fray Antonio María Buhaguiar, Delegado Apostólico de la Santa Sede.
El 17 del mismo mes murió el Preb. Miguel Buhaguiar, Canónigo de Malta, hermano y secretario del anterior. En el mismo mes murió su cocinera y otros trabajadores. Los hermanos Buhaguiar murieron a los cinco meses de haber llegado al país (Datos tomados del Boletín Eclesiástico del mes de Agosto de 1891).
Otra epidemia nos azotó en 1900. Esta epidemia, igualmente centrada en una comunidad fue traída al país por Eugenio Callox, que hacía viajes en una goleta. La trajo de Cabo Haitiano, murió a los diez días de enfermedad. De aquí la enfermedad se propaga. Dice el doctor Carlos Zafra que hubo 150 casos, de los cuales murieron 50 a 60, dicho doctor Zafra fue quien probó que era fiebre amarilla. Los otros médicos no eran de la misma opinión y entre ellos el doctor Octavio del Pozo. Todos los casos que hubo fueron de las gentes principales de la Ciudad de Puerto Plata. Hubo una reunión del Ayuntamiento presidida por Eugenio Deschamps, quien era el Gobernador Provincial, con el fin de aislar el barrio. La enfermedad duró dos meses y murieron varios extranjeros.
Epidemia del 1909. En esta época hubo otra epidemia de fiebre amarilla localizada en Santiago de los Caballeros. Sobre esta epidemia podemos encontrar un referencia en la Santa Pública, de los Estados Unidos, resumida en el Yellow Fever, Boletin de Livepool. (Vol. 1 de mayo de 1911, abril de 1912 pág. 52). En lo que concierne a Santo Domingo. Afirma el doctor Ricart en su tesis, que en el 1909 hubo una pequeña epidemia en Santiago de los Caballeros, que había atacado a varias decenas de sujetos. El mismo informe concluye diciendo que esta enfermedad se había hecho endémica en la misma región desde hacía muchos años.
Epidemia del 1912 al 1913. Según refiere el doctor Fernando A. Defilló. Hubo en Santo Domingo una epidemia localizada, que se cebó en una colonia de españoles que vinieron como empleados de la casa de Juan Parra y Cia. Casa que estaba en la unión de las actuales calles “Colón y Emiliano Tejera”. Todos murieron al poco tiempo de haber llegado a Santo Domingo, con vómitos negros, ictericia y fiebre. Estos casos fueron presenciados por el dr. F. A. Defilló. El mismo doctor afirma que fueron los últimos casos registrados en el país.
Como se ve por el relato que antecede, nuestro país ha sido azotado por varios brotes epidémicos de fiebre amarilla. Los tratamientos que se hacían eran sencillamente empíricos e inútiles. El agente vector era desconocido y su etiología oscura en aquella época. El primer brote epidémico, según relatos conservados, data del 1802 al 1803, el cual diezmó la expedición que al mando de Leclerc desembarcó en nuestro suelo. Luego, en el 1861, al 65, se registró otra epidemia de bastante intensidad. Habiendo brotes esporádicos y localizados en las épocas de 1891, 1900, 1909 y del 1912 al 1913. La fiebre amarilla desapareció espontáneamente de nuestro suelo. No habiéndose practicado ninguna medida absoluta de higiene para hacerla desaparecer. Por lo que parece, actualmente, no tenemos que temer al terrible “Homanhatina” de los indígenas. Asi concluye el trabajo del Pablo Duarte Mendoza de 1943.
