Ovando había iniciado sin aprobación oficial de la corona el proyecto de acabar con las sublevaciones y a someter a la autoridad española todas las comunidades aborígenes.de la isla y solo esperaba que se diera la aprobación formal. Entre tanto se dedicaba a someter a los apartados cacicazgos de Higüey y Xaraguá a la autoridad de su administración aprovechando cualquiera incidente para hacer sentir las debilidades de los indios para vencerlos, aprisionarlos, esclavizarlos, y establecerse en esos territorios. Luego de los incidentes con el perro en la isla Saona, los moradores del lugar se quejaron ante su cacique principal, Cotubamaná, para que reclamara venganza, razón por la cual al cabo de varios meses, cuando Ovando manda a otro grupo de ocho españoles a buscar cazabe, los indios de la isla Saona les dieron muerte de inmediato.
El Gobernador Ovando agrupó de 300 a 400 hombrees provenientes de las cuatro villas existentes hasta el momento: Santiago, la Concepción, el Bonao y Santo Domingo, al mando de Juan de Esquivel con varios capitanes secundarios. La pequeña armada se adentra en el territorio de Higüey realizando matanzas pueblo por pueblo hasta llegar a la isla Saona donde pasan a cuchillo a alrededor de 600 hombres para vengar a los ocho españoles muertos. Capturan y esclavizan al resto de la población, dejando la isla Saona destruida y desierta.
Los señores de otros poblados de la región mandaron mensajes al capitán Esquivel rogándole que no los persiguieran más, que les servirían sin condición. Los españoles establecieron en el área de Higuey una gran labranza para su consumo, y Esquivel hizo un pacto o acuerdo con el cacique Cotubanamá en el que quedaron “guatiao” como hermanos en armas y así los indios llamaban al capitán Cotubano y al jefe indio, Juan Esquivel”. El Capitán además edificó una fortaleza de madera donde dejo nueve hombres y retornó con los demás combatientes y sus respectivos esclavos a las villas de procedencia.
En Xaraguá Bohechío había muerto y Anacaona gobernaba siempre cumpliendo su tributo a tiempo y soportando el trato de los cristianos que habían quedado en su territorio desde la rebelión de Roldán. Al parecer hubo un pequeño altercado entre indios y uno de los españoles, que fue aporovechado por el Gobernador Ovando, quien se traslado a implantar el orden con 300 hombres a pie y 70 a caballo.
Anacaona, según Las Casas “mujer muy prudente y comedida” convocó a la mayoría de nitaínos o caciques secundarios de la región para recibir al “Guamiquina” o Señor grande de los cristianos. La cacica y los nitaínos les ofrecieron un espléndido banquete de recibimiento; sin embargo, nada disfrutó el Comendador Mayor, porque en breve determinó hacer por los españoles lo que acostumbran al llegar a un territorio con alta población: matar indios para aterrorizar a todos, puesto que ellos siempre son pocos en número en comparación con los nativos. En esta visita todos los indios murieron asesinados, incluyendo a Anacaona.
